WWW.ДЕНЬСИЛЫ.РФ

БЕСПЛАТНАЯ ЭЛЕКТРОННАЯ БИБЛИОТЕКА - Медицина

 

Pages:   || 2 | 3 | 4 | 5 |

Алгоритмы дифференциальной диагностики наследственных болезней обмена веществ, сопровождающихся нарушениями метаболизма аминокислот и ацилкарнитинов.

-- [ Страница 1 ] --






На правах рукописи

БАЙДАКОВА

Галина Викторовна

АЛГОРИТМЫ ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНОЙ ДИАГНОСТИКИ НАСЛЕДСТВЕННЫХ БОЛЕЗНЕЙ ОБМЕНА ВЕЩЕСТВ, СОПРОВОЖДАЮЩИХСЯ НАРУШЕНИЯМИ МЕТАБОЛИЗМА АМИНОКИСЛОТ И АЦИЛКАРНИТИНОВ.

03.02.07 - генетика

АВТОРЕФЕРАТ

диссертации на соискание ученой степени

кандидата биологических наук

Москва 2012

Работа выполнена в Федеральном государственном бюджетном учреждении «Медико-генетический научный центр» Российской академии медицинских наук

Научный руководитель:

кандидат медицинских наук Захарова Екатерина Юрьевна

Официальные оппоненты:

Носиков Валерий Вячеславович, доктор биологических наук, профессор

Государственный научный центр российской Федерации «ГосНИИгенетика», заведующий лабораторией молекулярной диагностики и геномной дактилоскопии

Ковалев Леонид Иванович, доктор биологических наук

Институт биохимии им.А.Н.Баха Российской академии наук, ведущий научный сотрудник лаборатории биомедицинских исследований

Ведущая организация:

Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова", Научно-исследовательский институт физико-химической биологии им.А.Н.Белозерского, Отдел хроматографического анализа

Защита состоится «___» _______ 2012 г. в ___ часов на заседании Диссертационного ученого совета Д 001.016.01 при Федеральном государственном бюджетном учреждении «Медико-генетический научный центр» Российской академии медицинских наук (115478, Москва, ул. Москворечье, 1)

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке Федерального государственного бюджетного учреждения «Медико-генетический научный центр» Российской академии медицинских наук по адресу: 115478, Москва, ул. Москворечье, д.1.

Автореферат разослан «______»___________________ 2012 г.

Учёный секретарь

диссертационного совета Д 001.016.01

по защите докторских

и кандидатских диссертаций,

доктор медицинских наук, профессор Зинченко Рена Абульфазовна

I. ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ

Актуальность проблемы. Наследственные нарушения метаболизма аминокислот, органических кислот и дефекты митохондриального –окисления представляют одну из обширных групп наследственных болезней обмена (НБО) (более 100 нозологических единиц). При низкой частоте отдельных форм заболеваний их суммарная частота довольно высока и составляет 1:2000 – 1:3000 живых новорожденных (Vilarinho L. et al, 2010; Kasper D.C. et al, 2010; Luz Couce M. et al, 2011; Lindner M. et al, 2011). Большинство заболеваний из этой группы манифестируют в раннем детском возрасте, характеризуются острым течением и часто сопровождаются поражением нервной системы. При этом около 20 форм болезней из этой группы поддаются лечению, эффективность которого во многом зависит от сроков установления диагноза.

В диагностике многих форм заболеваний, обусловленных дефектами обмена аминокислот и других соединений, ключевую роль играет анализ содержания аминокислот, органических кислот, общего и свободного карнитина, а также ацилкарнитинов в различных биологических жидкостях. Одним из современных методов определения данных веществ является тандемная масс-спектрометрия (МС/МС), которая позволяет не только охарактеризовать структуру исследуемых веществ, но и провести количественную оценку множества соединений одновременно за короткое время (Chace D.H. 2001; Millington D.S. et al, 1991). Все это обеспечивает широкий спектр и высокую пропускную способность, что экономически выгодно для скрининга на большое число заболеваний. За рубежом МС/МС анализ уже многие годы применяется для массового скрининга на НБО (Kasper D.C. et al, 2010; Lindner M. et al, 2011). В нашей стране подобные исследования только начались.

Практически все заболевания, выявляемые методом МС/МС, требуют проведения довольно разнообразных дополнительных тестов с целью их подтверждающей диагностики. Хотя для большинства НБО в качестве основных подтверждающих тестов применяются биохимические методы, для некоторых заболеваний требуется проведение ДНК-диагностики, прежде всего это касается нарушений митохондриального -окисления.

Так как в Российской Федерации все в большем числе центров появляется возможность применения МС/МС анализа для выявления НБО, а в некоторых регионах планируется внедрение данного метода в программы массового скрининга новорожденных, необходима предварительная работа по определению методов, необходимых для дополнительного обследования и разработка оптимальных подходов к подтверждению диагноза.

В связи с этим разработка алгоритмов диагностики наследственных болезней обмена веществ, сопровождающихся нарушениями метаболизма аминокислот и ацилкарнитинов, является актуальной задачей, что определило цель настоящей работы.



Цель работы: разработка алгоритмов диагностики наследственных болезней обмена веществ, сопровождающихся нарушениями метаболизма аминокислот и ацилкарнитинов.

Задачи исследования

  1. Изучить особенности спектра аминокислот и ацилкарнитинов в различных возрастных группах в контрольной выборке.
  2. Определить спектр и относительную частоту патологий, относящихся к данным группам наследственных болезней обмена, при селективном скрининге в отделениях психоневрологии, гепатологии и патологии раннего детского возраста.
  3. Охарактеризовать спектр мутаций при наиболее частых наследственных болезнях обмена, выявленных в ходе селективного скрининга и разработать простые ДНК-тесты для выявления наиболее распространенных мутаций.
  4. Составить алгоритмы подтверждающей диагностики для наследственных болезней обмена, выявляемых методом тандемной масс-спектрометрии.
  5. Оценить частоту наиболее распространенных заболеваний из группы нарушений митохондриального -окисления среди новорожденных г.Москвы.

Научная новизна.

В результате исследования впервые в России определен спектр патологий, относящихся к группе аминоацидопатий, органических ацидурий и дефектов митохондриального -окисления у различных контингентов больных, а также определены референсные уровни 52 метаболитов в разных возрастных группах.

Для повышения чувствительности диагностики дефектов окисления жирных кислот выведены новые, диагностически значимые, соотношения при недостаточности длинноцепочечной 3-гидрокси- ацил-КоА дегидрогеназы жирных кислот и среднецепочечной ацил-КоА дегидрогеназы жирных кислот.

В ходе работы впервые определены спектры мутаций при тирозинемии тип 1, недостаточности длинноцепочечной 3-гидрокси- ацил-КоА дегидрогеназы жирных кислот, недостаточности среднецепочечной ацил-КоА дегидрогеназы жирных кислот и глутаровой ацидурии тип 1. Для этих заболеваний у Российских пациентов определены частые мутации и разработаны простые методы ПЦР-ПДРФ анализа для их детекции.

Впервые идентифицированы мутации в генах BCKDHA и BCKDHB (лейциноз), OTC (недостаточность орнитинтранскарбамилазы), MUT и MMAA (метилмалоновая ацидурия), ACAT1 (недостаточность митохондриальной ацетоацетил-КоА тиолазы) и ACADVL (недостаточность очень длинноцепочечной ацил-КоА дегидрогеназы жирных кислот) у Российских пациентов.

Составлена дифференциально-диагностическая таблица, в которой приведены основные этапы подтверждающей диагностики и рекомендации по интерпретации полученных данных.

На основе определенных прямыми методами популяционной и относительной частот мутаций Lys304Glu и Glu474Gln впервые дана оценка частот недостаточности среднецепочечной ацил-КоА дегидрогеназы жирных кислот (СЦАД) и недостаточности длинноцепочечной 3-гидрокси- ацил-КоА дегидрогеназы жирных кислот (ДЦГАД) среди новорожденных г.Москвы.

Практическая значимость.

В ходе работы проанализировано более 8000 образцов индивидуумов, что позволило получить довольно точные количественные характеристики многих параметров, а также получить новые, диагностически значимые, соотношения, которые можно включить в программы скрининга с использованием МС/МС анализа.

Заболевания данной группы НБО не распознаются или поздно диагностируются в практике отечественной педиатрии и особенно, неонаталогии. Многие из этих заболеваний могут эффективно коррегироваться, поэтому разработка подходов к их дифференциальной диагностике является актуальной задачей, имеющей большое практическое значение. Поскольку данное исследование адресовано, прежде всего, врачам-лаборантам и врачам-генетикам, работающим в медико-генетической службе, которые не имеют пока большого опыта в диагностике этих форм НБО, в ходе работы составлена дифференциально-диагностическая таблица, в которых приведены основные этапы подтверждающей диагностики и рекомендации по интерпретации полученных данных.

Выявленные особенности в спектре нозологических форм среди пациентов из разных отделений стационаров позволяют более рационально планировать тактику дифференциальной диагностики и улучшить выявление редких НБО среди данного контингента больных. Алгоритмы подтверждающей диагностики, а также референсные значения метаболитов и их соотношений могут применяться не только для селективного скрининга, но некоторые из них могут быть взяты за основу при подготовке к проведению массового скрининга новорожденных.

Основные положения, выносимые на защиту.

1. Концентрации исследуемых с помощью тандемной масс-спектрометрии метаболитов имеют существенные различия в разных возрастных группах.

2. Выведенные новые соотношения метаболитов для недостаточности длинноцепочечной 3-гидрокси-ацил-КоА дегидрогеназы и среднецепочечной ацил-КоА дегидрогеназы повышает чувствительность, специфичность и положительную прогностическую ценность тандемной масс-спектрометрии для диагностики этих заболеваний.

3. Составлены алгоритмы подтверждающей диагностики для всех выявленных форм наследственных болезней обмена.

4. Охарактеризован спектр мутаций при тирозинемии тип 1, глутаровой ацидурии тип 1, лейцинозе, недостаточности орнитинтранскарбамилазы, метилмалоновой ацидурии, недостаточности длинноцепочечной 3-гидрокси-ацил-КоА дегидрогеназы и среднецепочечной ацил-КоА дегидрогеназы.





5. Оценка частот недостаточности длинноцепочечной 3-гидрокси-ацил-КоА дегидрогеназы и среднецепочечной ацил-КоА дегидрогеназы среди новорожденных г.Москвы показала, что частота недостаточности длинноцепочечной 3-гидрокси-ацил-КоА дегидрогеназы выше, а частота среднецепочечной ацил-КоА дегидрогеназы гораздо ниже, чем в большинстве стран Западной Европы

Апробация работы.

Материалы исследования доложены на ежегодных конференциях Общества по изучению наследственных болезней обмена веществ в 2004, 2007, 2008, 2010 и 2011 гг., ежегодной конференции Европейского общества генетики человека в 2005 г., V съезде Российского общества медицинских генетиков в 2005 г. (г.Уфа), Национальном конгресса «Неотложные состояния в неврологии» в 2009 г. (г.Москва), VI съезде Российского общества медицинских генетиков в 2010 г. (г. Ростов-на-Дону).

Личный вклад автора.

Автором лично проведен количественный анализ метаболитов, измеряемых с помощью МС/МС и ВЭЖХ-МС/МС, определение активности биотинидазы. Составлена дифференциально-диагностическая таблица, в которых приведены основные этапы подтверждающей диагностики и рекомендации по интерпретации полученных данных. Этапы молекулярно-генетического анализа, включающие: экстракцию геномной ДНК, дизайн праймеров, подбор условий и проведение полимеразной цепной реакции изучаемых участков генома выполнены лично.

Публикации. По теме диссертационного исследования опубликовано 22 печатных работы, в том числе 6 статей в журналах, рекомендованных ВАК Минобрнауки для опубликования основных научных результатов диссертации, 1 глава в национальном руководстве, 15 тезисов.

Структура и объем диссертации. Диссертационная работа изложена на 242 страницах машинописного текста, иллюстрирована 36 таблицами и 32 рисунками, состоит из введения, обзора литературы, экспериментальной части (материалы и методы), описания результатов и их обсуждения, выводов, списка цитируемой литературы, включающего 213 ссылок, и 5 приложений.

II. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

В период с января 2004 по ноябрь 2011 года обследовано 8615 пациентов в возрасте от 1 дня до 30 лет, среди них 4820 (56%) – пациенты мужского пола и 3795 (44%) – женского. Для анализа использована капиллярная или венозная кровь, собранная на стандартную карточку-фильтр № 903. Высушенные образцы крови хранились при +40С.

Тандемная масс-спектрометрия.

Анализ аминокислот и ацилкарнитинов проводился с помощью набора «NeoGram Amino Acids and Acylcarnitines Tandem Mass Spectrometry Kit» (Perkin Elmer Life and Analytical Sciences, Wallac OY, Finland) на квадрупольном тандемном масс-спектрометре PE Sciex API 2000 (PE Sciex, Онтарио, Канада) с положительной ионизацией в электроспрее. Значения концентраций аминокислот и ацилкарнитинов рассчитывались автоматически с применением внутренних стандартов с помощью программы NeoGram (Perkin Elmer Life and Analytical Sciences, Wallac OY, Finland).

ВЭЖХ-МС/МС органических кислот мочи

Анализ концентраций сукцинилацетона, глутаровой и оротовой кислот в моче проводили на хроматографе Agilent 1200 (Agilent Technologies, США), на колонке 100Х2,1 мм 5 мкм «Hypersil GOLD C18» (Thermo scientific, США) с детектированием на квадрупольном тандемном масс-спектрометре AB Sciex API 3200 QTrap (AB Sciex, США) с ионизацией в электроспрее методом построения калибровочной кривой. Состав и скорость растворителей, а также условия детектирования подбирались экспериментально.

Газовая хроматография масс-спектрометрия органических кислот мочи.

Газовая хроматография – масс-спектрометрия выполнена на приборе 7890А/5975С (Agilent Technologies, США), колонка HP-5MS (30м*0,25мм*4 мкм). Концентрация органических кислот в моче определялась в виде триметилсилиловых эфиров. Расчет полученных результатов осуществлялся методом внутреннего стандарта.

Определение активности биотинидазы

Активность биотинидазы определялась в сыворотке крови колориметрическим методом на спектрофотометре Spectronic Genesys 5 (Thermo Spectronic Instruments, США) при 550 нм (Wolf B. et al, 1983).

Молекулярно-генетические методы исследования.

Геномную ДНК из цельной крови и пятен крови на фильтрах выделяли, используя набор реактивов Diatom DNA Prep (ООО Биоком, Россия) по методике, рекомендованной изготовителем. Полимеразную цепную реакцию, рестрикционный анализ и электрофорез проводили стандартными методами (Sambrook J. et al., 1989). Для каждой пары праймеров подобраны условия, отличающиеся необходимой температурой отжига праймеров и концентрацией MgCl2. Для анализа частых мутаций использованы эндонуклеазы рестрикции MspI, Bsp19I, PstI, AcuI, Bsp1720I и Tru 9I («СибЭнзим», Россия). Секвенирование ПЦР-фрагментов с целью выявления редких мутаций проведено согласно протоколу фирмы производителя на приборах ABI Prism 3100 (Applied Biosystems) (Лаборатория ДНК-диагностики ФГБУ «МГНЦ» РАМН, Заведующий – д.б.н. Поляков А.В.) и ABI Prism 3500 (Applied Biosystems).

Методы статистического анализа.

Оценку статистической значимости результатов проводили с использованием методов параметрической и непараметрической статистики для множественных сравнений. Анализу данных предшествовала проверка распределений значений показателей на соответствие их критериям «нормальности». В случае нормального распределения применяли однофакторный дисперсионный анализ ANOVA или ANOVA для повторных измерений, в противном случае – критерий Крускала-Уоллиса и/или критерий Ньюмана-Кейлса. Обработку результатов осуществляли с помощью программного обеспечения Excel 2000, Statistica for Windows 6.0.

III. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.

3.1. Сравнение разных возрастных групп



Pages:   || 2 | 3 | 4 | 5 |
 


Похожие работы:







 
2013 www.деньсилы.рф - «МЕДИЦИНА-ЛЕЧЕНИЕ-ОЗДОРОВЛЕНИЕ»

Материалы этого сайта размещены для ознакомления, все права принадлежат их авторам.
Если Вы не согласны с тем, что Ваш материал размещён на этом сайте, пожалуйста, напишите нам, мы в течении 1-2 рабочих дней удалим его.