WWW.ДЕНЬСИЛЫ.РФ

БЕСПЛАТНАЯ ЭЛЕКТРОННАЯ БИБЛИОТЕКА - Медицина

 

Pages:   || 2 | 3 | 4 | 5 |   ...   | 8 |

Молекулярно-генетические и клинико-генотипические особенности муковисцидоза в российских популяциях

-- [ Страница 1 ] --

РОССИЙСКАЯ АКАДЕМИЯ МЕДИЦИНСКИХ НАУК

ГОСУДАРСТВЕННОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ

МЕДИКО-ГЕНЕТИЧЕСКИЙ НАУЧНЫЙ ЦЕНТР

На правах рукописи

Петрова Ника Валентиновна

МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИЕ И КЛИНИКО-ГЕНОТИПИЧЕСКИЕ ОСОБЕННОСТИ МУКОВИСЦИДОЗА В РОССИЙСКИХ ПОПУЛЯЦИЯХ

03.00.15 – генетика

АВТОРЕФЕРАТ

диссертации на соискание ученой степени

доктора биологических наук

Москва – 2009

Работа выполнена в лаборатории генетической эпидемиологии Государственного учреждения Медико-генетического научного центра РАМН, Москва

Научный консультант: академик РАМН, доктор биологических наук, профессор Евгений Константинович Гинтер
Официальные оппоненты: доктор биологических наук, Наталья Николаевна Вейко
доктор биологических наук, профессор Светлана Андреевна Лимборская
доктор биологических наук, профессор Валерий Вячеславович Носиков
Ведущее научное учреждение: Государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования Московская медицинская академия имени И.М. Сеченова Федерального агентства по здравоохранению и социальному развитию

Защита диссертации состоится «_02_»_февраля_____2009 г. в _____часов на заседании Диссертационного совета Д 001.016.01 при ГУ Медико-генетическом научном центре РАМН (ГУ МГНЦ РАМН) по адресу: 115478, Москва, ул. Москворечье, д.1.

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке ГУ Медико-генетического научного центра РАМН.

Автореферат разослан «___»____________2008 г.

Ученый секретарь

Диссертационного совета Д 001.016.01,

доктор медицинских наук Р.А. Зинченко

Актуальность исследования.

Муковисцидоз (МВ, CF; OMIM #219700) наиболее частое наследственное аутосомно-рецессивное заболевание среди европеоидов. Муковисцидоз обусловлен мутациями в гене CFTR, муковисцидозного трансмембранного регулятора проводимости. Белок CFTR, функционируя как цАМФ-зависимый хлорный канал, регулирует работу других хлорных и натриевых каналов и выполняет ряд иных важных функций (Riordan J.M. et al., 1989). При муковисцидозе в патологический процесс вовлекаются экзокринные железы разных систем организма: органов дыхания, системы пищеварения (поджелудочная железа, печень, желчные пути, пищеварительный тракт), а также потовые железы и урогенитальный тракт (Капранов Н.И. и др., 2004; Witt H., 2003).

В настоящий момент описаны более 1500 мутаций и 250 полиморфизмов в гене CFTR (CFTR mutation database, http://genet.sickkids.on.ca/cftr/ ), частоты которых широко варьируют в разных этнических группах. Спектры различных мутаций и полиморфизмов гена CFTR обладают выраженной популяционной специфичностью, являясь отражением генетических процессов, формирующих популяции. Частота МВ варьирует в разных популяциях мира в весьма широких пределах (например, в Европе от 1:1800 новорожденных в Ирландии до 1:26000 новорожденных в Финляндии) (WHO, 2004). Оценки частоты MB в разных популяциях Российской Федерации (РФ) также весьма различны (от 1:4900 до 1:12000 живорождённых) (Петрова Н.В., Гинтер Е.К., 1997; Капранов Н.И., 2001; Капранов Н.И., 2006; Радионович А.М. и др., 2005; Воронин С.В. и др., 2007; Матулевич С.А., 2007; Михальчук В.В. и др., 2007; Одинокова О.Н. и др., 2007). Значительное различие спектров CFTR мутаций и частоты заболевания вносит объективные сложности в разработку протоколов проведения ДНК-диагностики МВ и проведения генетического консультирования среди населения, относящегося к разным этническим группам и проживающего в разных регионах.

Клиническая картина при МВ весьма разнообразна: продолжительность жизни, спектр и тяжесть клинических проявлений значительно варьируют среди больных МВ. И хотя вариабельность клинического течения МВ несомненно обусловлена многочисленностью CFTR мутаций, а следовательно, и CFTR генотипов, но различие в течении МВ, наблюдающееся у больных, имеющих одинаковые мутации в гене CFTR, в частности, у сибсов, позволяет предполагать влияние на клиническую картину МВ других генетических факторов, отличных от гена CFTR (Ferrari M., Cremonesi L., 1996; Parad R.B. et al., 1999; McKone E.F. et al., 2006; Mekus F. et al., 2000; Vanscoy L.L. et al., 2007). В настоящее время во всем мире ведется активный поиск генов, оказывающих влияние на клинические проявления МВ. Изучается ряд генов, белковые продукты которых могут быть вовлечены в патогенетические механизмы МВ. Особое внимание уделяется генам, продукты которых вовлечены в иммунную защиту организма (Drumm M.L. et al., 2005; Salvatore F. et al., 2002; Witt H., 2003; Yarden J. et al., 2005; Garred P.et al., 2003; Thio C.L. et al., 2005; Wiertsema S.P. et al., 2006; Иващенко Т.Э., Баранов В.С., 2000; Келембет Н.А. и др., 2005; Корытина Г.Ф.и др., 2004)..

Несмотря на то, что муковисцидоз интенсивно изучается на протяжении нескольких десятков лет специалистами разных направлений, в том числе и в России, интерес к проблемам этого заболевания не ослабевает. Вопросы распространенности МВ в разных популяциях и этнических группах, выявления гено-фенотипических корреляций, определения факторов, лежащих в основе вариабельности клинических проявлений, особенностей консультирования в связи с введением пресимптоматической диагностики в России не решены до конца.



Цель исследования:

Получение оценки частоты муковисцидоза, изучение молекулярно-генетического разнообразия гена CFTR в российских популяциях, выявление гено-фенотипических корреляций у российских больных и разработка на основе полученных результатов принципов медико-генетического консультирования.

Задачи исследования:

  1. Оценить частоту МВ в популяциях европейской части России;
  2. Изучить спектр и относительные частоты диагностически значимых мутаций в гене CFTR в обширной выборке российских больных МВ;
  3. Оценить распространенность некоторых мутаций гена CFTR в разных этнических группах коренного населения России;
  4. Изучить генетическую изменчивость локуса гена CFTR по внутригенным и внегенным полиморфизмам в семьях с МВ; оценить возможность использования этих полиморфизмов для косвенной ДНК-диагностики в семьях с частичной информативностью;
  5. Изучить клинические особенности МВ у больных в зависимости от CFTR генотипа;
  6. Изучить возможное модифицирующее влияние ряда генов на клинические проявления муковисцидоза у больных, гомозиготных по мутации F508del;
  7. Разработать принципы медико-генетического консультирования для российских семей, отягощенных МВ. Провести расчеты генетического риска МВ при наличии двух независимых факторов риска (положительный тест на ИРТ и ДНК-тестирование; гиперэхогенный кишечник и ДНК-тестирование).

Научная новизна:

    1. Впервые на основе определенных прямыми методами популяционной и относительной частот мутации F508del дана оценка частоты муковисцидоза в популяциях русских европейской части России.
    2. Впервые определен спектр частых мутаций в гене CFTR, составляющих до 75,7% мутантных аллелей у российских больных МВ, на основе которого разработаны наборы для ДНК-диагностики.
    3. Впервые изучена распространенность семи CFTR мутаций в популяциях европейской части России в пяти этнических группах (русские Ростовской, Тверской, Псковской, Кировской областей, марийцы, чуваши, удмурты, башкиры). Выявлены различия в частоте встречаемости мутации F508del среди изученных этносов.
    4. Впервые изучена молекулярно-генетическая изменчивость промоторной и 5’ регуляторной областей гена CFTR у российских больных МВ, у которых при предварительном тестировании не идентифицированы одна или обе мутации.
    5. Выявлены мутации 3944delTG, 3667delTCAA и L138insA, ранее не обнаруженные у российских больных МВ. Впервые идентифицированы мутации 604insA и K598ins. Мутации L138ins и 604insA можно отнести к относительно частым у российских пациентов с МВ.
    6. Впервые в семьях российских больных МВ проанализированы частоты аллелей внутригенного полиморфизма IVS1CA и частоты гаплотипов четырех внутригенных полиморфизмов IVS1CA-IVS6aGATT-IVS8CA-IVS17bCA. Показаны различия в частотах и наборах гаплотипов изученных полиморфизмов, ассоциированных с нормальными и мутантными аллелями гена CFTR.
    7. Выявлены три группы мутаций, ассоциированные с определенными гаплотипами четырех внутригенных полиморфизмов IVS1CA-IVS6aGATT-IVS8CA-IVS17bCA: мутации F508del, N1303K, G542X, 2143del и 394delTT – с гаплотипом 21-6-23-13; мутации CFTRdele2,3(21kb), 1677delTA, L138ins – с гаплотипом 22-7-16-13; мутации W1282X, R334W – с гаплотипом 26-7-17-17.
    8. Впервые у российских больных МВ изучена взаимосвязь клинической картины и CFTR генотипа (с учетом классификации мутаций в зависимости от степени дефекта хлорного канала).
    9. Впервые на выборке российских больных МВ, гомозиготных по мутации F508del, изучено модифицирующее влияние шести генов на клинические проявления заболевания и показано, что гены eNOS, MBL2 и HFE можно рассматривать в качестве модификаторов клинической картины заболевания.
    10. Впервые для российских семей проведены расчеты генетического риска при наличии двух независимых факторов риска МВ: положительного результата первого теста на ИРТ у новорожденного или обнаружения гиперэхогенности кишечника у плода при ультразвуковом исследовании и положительного или отрицательного результата ДНК-диагностики.
    11. Впервые для российских семей показан высокий риск МВ (приближающийся к 0,25) у плода, имеющего гиперэхогенный кишечник во 2-м триместре, при выявлении носительства CFTR мутации одним из родителей.

Научно-практическая значимость работы:

  1. Определение спектра и долей частых CFTR мутаций и изучение генетической изменчивости локуса гена CFTR по внутригенным и внегенным полиморфизмам позволило разработать алгоритм молекулярно-генетической диагностики МВ, в том числе пренатальной, в российских семьях, отягощенных муковисцидозом.
  2. Обнаружение новых для российских больных МВ CFTR мутаций расширило спектр мутаций, которые можно рекомендовать для рутинного анализа в диагностических лабораториях.
  3. Введение полиморфизма IVS1CA в протокол анализа повышает эффективность косвенной диагностики в семьях с неполной информативностью. Использование методов прямой (анализ частых CFTR мутаций) и косвенной (анализ четырех внутригенных и пяти внегенных полиморфизмов) ДНК-диагностики позволяет обеспечить проведение пренатальной диагностики для 99,5% семей, отягощенных муковисцидозом.
  4. Изучение взаимосвязи между фенотипом и CFTR генотипом позволяет выявить ассоциации между CFTR мутациями и тяжестью поражения как органов пищеварительной, так и бронхолегочной системы и дать более точный прогноз течения заболевания у больных МВ.
  5. Изучение полиморфизмов некоторых генов позволяет выявить возможные механизмы, лежащие в основе клинического разнообразия у пациентов с одинаковым CFTR генотипом.
  6. Расчеты риска МВ в случаях положительного результата первого теста на ИРТ у новорожденного или обнаружения гиперэхогенности кишечника у плода при ультразвуковом исследовании с учетом результата ДНК-диагностики могут дать более точный прогноз для потомства при медико-генетическом консультировании.
  7. Результаты по выявлению частых, диагностически значимых для российских больных МВ мутаций в гене CFTR и контрольные образцы ДНК с известными мутациями использованы при разработке наборов для ДНК-диагностики МВ (в лаборатории ДНК-диагностики ГУ МГНЦ РАМН).

Положения, выносимые на защиту:





  1. Изучение спектра и относительных частот мутаций в гене CFTR в обширной выборке российских больных МВ (776 индивидов) из разных регионов РФ выявило, что к диагностически значимым можно отнести мутации F508del (54,2%), CFTRdele2,3(21kb) (7,2%), 2143delT (2,1%), W1282X (2,0%), N1303K (1,9%), 3849+10kbC>T (1,9%), 2184insA (1,7%), G542X (1,3%), 1677delTA (0,8%), 3821delT (0,8%), R334W (0,7%), L138ins (0,6%) и 394delTT (0,5%). Доля не охарактеризованных мутантных аллелей составила 23%.
  2. В результате изучения частоты семи CFTR мутаций (CFTRdele2,3(21kb), F508del, 1677delTA, 2143delT, 2184insA, 394delTT и 3821delT) в выборках здоровых индивидов, относящихся к 5 этническим группам РФ: русских из европейской части России, марийцев, удмуртов, чувашей и башкир, показано, что частота мутации F508del среди русских европейской части России значимо выше (0,00518), чем у изученного коренного населения Волго-Уральского региона (<0,002).
  3. Частота муковисцидоза, рассчитанная из популяционной и относительной частот мутации F508del для популяций русских европейской части России, составляет 1:10935.
  4. Анализ четырех внутригенных маркеров гена CFTR (IVS1CA, IVS6aGATT, IVS8CA и IVS17BCA) выявляет неравновесие по сцеплению аллелей и гаплотипов в выборках мутантных и нормальных хромосом. Мутация F508del сцеплена с гаплотипами 21-6-17-13 и 21-6-23-17 в 91,8% случаев. Мутации G542X, N1303K, 394delTT и 2143delT ассоциированы с гаплотипом 21-6-23-13. С гаплотипом 22-7-16-13 сцеплены мутации CFTRdele2,3(21kb), 1677delTA и L138insA; с гаплотипом 26-7-17-17 - мутации W1282X и R334W. Самым частым в выборке нормальных хромосом родителей больных МВ (23,5%) является гаплотип 22-7-16-13. Анализ четырех внутригенных маркеров (IVS1CA, IVS6aGATT, IVS8CA и IVS17BCA) и пяти внегенных маркеров (XV-2c; KM19; CS7; J3.11; W30) позволяет проводить пренатальную диагностику МВ практически во всех семьях (99,5%).
  5. У российских больных МВ выявлена ассоциация между CFTR генотипом и тяжестью поражения как органов пищеварительной, так и бронхолегочной системы. У больных с двумя мутациями I и/или II классов дебютом заболевания чаще является кишечный синдром, манифестирующий в более раннем возрасте; колонизация легких P.aeruginosa начинается в более раннем возрасте, что приводит к более быстрому прогрессированию заболевания по сравнению с больными, имеющими, по крайней мере, одну мутацию IV или V класса.
  6. Гены eNOS, MBL2 и HFE можно рассматривать как модификаторы клинических проявлений МВ у российских больных. Установлена ассоциация полиморфного аллеля A VNTR eNOS4 со снижением показателей функции внешнего дыхания (ФЖЕЛ и ОФВ1; p<0,05) и со снижением частоты цирроза печени (p<0,05). Выявлена ассоциация аллелей G54D, G57E, R52C и –221G>С гена MBL2 со снижением показателей ОФВ1 у детей дошкольного возраста (p<0,05), более ранним поражением P.aeruginosa (p=0,017) и ассоциация мутации G54D с более частым поражением Al. xylosoxidans (p=0,037) и St. maltophilia (p=0,049). Обнаружена ассоциация мутации Н63D гена HFE с более тяжелым поражением пищеварительной системы и ранней манифестацией кишечного синдрома (p<0,05).
  7. Параметрами, которые необходимо учитывать при медико-генетическом консультировании в семьях с МВ и расчетах апостериорного риска, являются частота МВ (1:10965), частота гетерозиготного носительства мутантных аллелей МВ (0,019), доля выявляемых при ДНК-диагностике мутаций (75,5%) и относительные частоты МВ мутаций, если оба родителя происходят из популяций европейской части России. Риск МВ у новорожденного, положительно тестированного на ИРТ, составляет 0,0541 при обнаружении у него одной CFTR мутации и 0,0005, если ни одна из частых CFTR мутаций не обнаружена. Риск МВ у плода с эхогенностью кишечника, диагностированной при УЗИ во втором триместре беременности, при обнаружении CFTR мутации у одного из родителей составляет 0,1733, если ни одна из частых CFTR мутаций не обнаружена – 0,0017.

Личное участие автора в получении научных результатов.



Pages:   || 2 | 3 | 4 | 5 |   ...   | 8 |
 


Похожие работы:







 
2013 www.деньсилы.рф - «МЕДИЦИНА-ЛЕЧЕНИЕ-ОЗДОРОВЛЕНИЕ»

Материалы этого сайта размещены для ознакомления, все права принадлежат их авторам.
Если Вы не согласны с тем, что Ваш материал размещён на этом сайте, пожалуйста, напишите нам, мы в течении 1-2 рабочих дней удалим его.